Участник Великой Отечественной войны, лётчик, подполковник, Герой Советского Союза.
За образцовое выполнение боевых заданий командования, мужество, отвагу и геройство, проявленные в борьбе с немецко-фашистскими захватчиками, указом Президиума Верховного Совета СССР от 2 сентября 1943 года удостоен звания Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда» № 1491.
Всего на счету у Василия Афанасьевича Меркушева 24 сбитых самолёта противника.